Probiotyki to drobnoustroje, które pełnią bardzo ważną rolę w naszej fizjologii. Są one niezbędne do normalnego funkcjonowania organizmu, kształtują m. in. system odpornościowy, co w przypadku maluszka jest bardzo ważne. Dzieci urodzone w sposób naturalny stykają się z bakteriami już w kanale rodnym kobiety. Jest to dla nich o wiele korzystniejsze, ponieważ dobroczynne bakterie zaczynają zasiedlać ich organizmy już od chwili porodu. W trakcie porodu siłami natury dziecko styka się z mikrobiotą typową dla pochwy i jelita, są to bakterie z rodzajów Lactobacillus, Bifidobacterium, Prevotella i Sneathia.
Z kolei dzieci urodzone przez cesarskie cięcie (które często jest koniecznością) są kolonizowane głównie przez drobnoustroje zasiedlające skórę, z rodzajów: Staphylococcus, Corynebacterium i Propionibacterium. U dzieci po CC zasiedlanie jelita przez bakterie z rodzaju Bacteroides i Bifidobacterium jest opóźnione o około jeden miesiąc po porodzie, podczas gdy w tym czasie występuje już znaczna kolonizacja przez laseczki Clostridium difficile, Clostridium perfringens i inne potencjalnie patogenne bakterie z rodzajów: Klebsiella, Haemophilus, Citrobacter, Enterococcus oraz Escherichia. Niektóre badania wykazały, że te różnice w składzie mikrobioty jelitowej mogą utrzymywać się przez długi czas po porodzie.